Una nueva organización científica (1985-2006)
En 1985 se produce en el CSIC una reorganización de los institutos de humanidades y ciencias sociales que cambia considerablemente el panorama anterior. Los institutos dedicados a disciplinas científicas semejantes se fusionan para crear nuevas estructuras organizativas más amplias y con servicios comunes.
Los institutos Miguel Asín de Estudios Árabes, Benito Arias Montano de Estudios Hebraicos, Sefardíes y de Oriente Próximo, Antonio de Nebrija de Filología Clásica y Miguel de Cervantes, dedicado al estudio de la Filología Hispánica y la Antropología, se fusionan para crear el nuevo Instituto de Filología.
Los institutos Diego Velázquez de Arte, Rodrigo Caro de Arqueología, Gonzalo Fernández de Oviedo de Historia de América, Jerónimo Zurita de Historia, Francisco Suárez de Teología, Arnau de Vilanova de Historia de la Ciencia y el Instituto Enrique Flórez de Historia de la Iglesia se unen para formar el Centro de Estudios Históricos que años después pasaría a llamarse Instituto de Historia.
Los institutos Juan Sebastián Elcano de Geografía, Jaime Balmes de Sociología y los de Geografía Aplicada, Economía Agraria y Desarrollo Rural y Economía Aplicada se integran en el llamado Instituto de Economía y Geografía Aplicadas. Este instituto experimenta algunos cambios de nombre como CIESM (Centro de Investigaciones sobre la Economía, la Sociedad y el Medio) para terminar denominándose Instituto de Economía y Geografía, en el que quedaron integrados a fines de los noventa los institutos de Demografía (en 1996) y de Estudios Sociales Avanzados. Este último tuvo tres sedes en Madrid, Córdoba y Barcelona. El de Madrid, pasó en 1998 a denominarse Unidad de Políticas Comparadas.
En enero de 1986 se creó el Instituto de Filosofía para la investigación en las diversas áreas de la filosofía contemporánea en su relación con las ciencias, la cultura y la sociedad. Este instituto sustituye al anterior Instituto Luis Vives de Filosofía.
También a partir de 1985 se produce una reorganización en las bibliotecas del CSIC ya que la nueva distribución de institutos dio lugar a la creación de nuevas unidades de servicio que conservaron toda la colección bibliográfica reunida durante los años anteriores, incorporaron nuevos servicios y aplicaron las tecnologías de la información. Nace entonces el Programa de Información de Bibliotecas (PRIBIC) y un nuevo modelo de organización cooperativa entre las bibliotecas de los diferentes institutos que es el antecedente de la Red de Bibliotecas del CSIC.
