A lo largo de estos cien años de vida bibliográfica e historiográfica, Iglesias mozárabes ha sido y es un trabajo de ineludible manejo y constante análisis por parte de sucesivas generaciones de especialistas. Nada más salir se erigió en un incontestable referente interpretativo alumbrado en el nuevo contexto investigador del CEH. La obra se difundió rápidamente en el medio científico español y también traspasó las fronteras.
Esta posición referencial, al menos en España, no fue tan larga como se pude pensar. Poco antes de estallar la Guerra Civil Gómez-Moreno había solicitado su jubilación voluntaria. Tras el conflicto, el nuevo régimen fulmina a la JAE, refundando los centros de investigación que la integraban con la creación del CSIC. Aunque Gómez-Moreno mantiene su prestigio y reconocimiento (es nombrado presidente honorario del Instituto Diego Velázquez, heredero de las secciones de Arte y Arqueología del CEH), su Iglesias mozárabes representa un incómodo relato histórico para los ideales del nacional-catolicismo alentado por el régimen que ahora lleva las riendas de la investigación. La asunción de una inferioridad de lo cristiano frente a lo musulmán (en lo político, económico, cultural, artístico) choca con los discursos oficialistas en construcción, empeñados más bien en señalar escenarios históricos de la forja de una nación española esencialmente cristiana, como el correspondiente al reino visigodo, periodo que se verá potenciado historiográficamente. El CSIC nunca se planteó la reedición de Iglesias mozárabes, una obra agotada bibliográficamente hacía décadas pero que seguía siendo consultada y demandada. Tampoco participó en la primera reimpresión, promovida por el Patronato de la Alhambra en 1970 pero que no se materializó hasta 1975, si bien el entonces director del Instituto Diego Velázquez, Diego Angulo, intentó sin éxito que el CSIC tomara parte en ella.
En los años 70, muerto ya el maestro, su modelo rupturista pierde cada vez más fuerza en un contexto historiográfico que, desde los años 40, era marcadamente continuista: lo altomedieval (cristiano y musulmán) como continuación de lo anterior visigodo, sin cesuras. A finales del siglo XX buena parte de la historiografía daba por amortizado el libro, pero también hubo voces en contra del desguace puesto en marcha al considerar, en positivo, el marco científico en el que se fraguó la obra, más allá de las conclusiones de carácter histórico alcanzadas. El Estudio preliminar realizado por Isidro Bango para la reedición de Iglesias mozárabes en 1998 (Universidad de Granada) ejemplifica la revisión continuista, mientras que los trabajos de Luis Caballero reivindican la modernidad conceptual y metodológica del contexto en el que se realizó y señalan los aspectos que siguen dando vigencia a su manejo en la actual crítica historiográfica.
A día de hoy, Iglesias mozárabes sigue teniendo una actualidad que, naturalmente, no es la misma respecto a su aparición pero que conecta con ella al subyacer uno de los más enconados debates de nuestra historiografía: el lugar de al-Andalus en la historia de España.
