La historia del archivo fotográfico reunido por Manuel Gómez-Moreno está ligada a las campañas e investigaciones que desarrolló desde comienzos del siglo XX, y a su puesto como director de la Sección de Arte y Arqueología, desde la creación del Centro de Estudios Históricos en 1910. Las primeras fotografías que integran este archivo son las que realizó para el Catálogo Monumental de España y que, posteriormente, utilizaría para otras publicaciones.

Manuel Gómez-Moreno como arqueólogo e historiador destacó por la incorporación de la fotografía en su metodología de trabajo. Las fotografías le permitían estudiar y analizar los elementos fuera de su contexto, de ahí que una buena parte de su trabajo de campo estaba dedicada a la producción de fotografías de los edificios y objetos de su interés.

En 1900 el Ministerio de Instrucción Pública y Bellas artes nombra a Manuel Gómez-Moreno responsable de la formación del Catálogo Monumental y Artístico de la Nación, labor que comenzó por la provincia de Ávila. A partir de ese momento Gómez-Moreno recorre, cámara en mano, los pueblos de esta provincia y después vendrían los de Salamanca, Zamora y León.

Además de las fotografías de los catálogos monumentales forman parte del archivo las que están vinculadas a sus investigaciones y publicaciones, entre las que destacan las de arte mozárabe que fueron publicadas en Iglesias mozárabes: arte español de los siglos IX a XI , (Madrid, 1919) y el volumen del Ars Hispanie: Arte árabe español hasta los almohades: Arte mozárabe (Madrid, 1951).

Gómez-Moreno asentó el uso de la fotografía como instrumento para documentar los trabajos de investigación en la Sección de Arte y Arqueología por lo que el archivo fue enriqueciéndose con las fotografías realizadas por sus colaboradores y discípulos entre los que destaca la figura de Ricardo Orueta.

En 1931, Ricardo Orueta durante su etapa como Director General de Bellas Artes encomienda a las secciones de Arte y Arqueología del CEH la creación del Fichero de Arte Antiguo para realizar un inventario de las obras de arte que existían en el territorio nacional anteriores al año 1850. De esta forma se afianza el archivo fotográfico como un recurso para la investigación en los campos del arte, la historia y arqueología, además de convertirse en un inventario para la identificación y conservación del patrimonio artístico.

El fondo toma el nombre de Archivo Manuel Gómez-Moreno y Ricardo Orueta porque ambos investigadores son los principales productores y recopiladores de las imágenes que integran el archivo.